JT - Babak 16 besar Liga 3 putaran nasional segera bergulir pada 19-24 Mei 2024, setelah 32 tim dari sejumlah wilayah di Indonesia selesai mengikuti babak 32 besar.

Dalam laman Persatuan Sepak Bola Seluruh Indonesia (PSSI) yang dipantau ANTARA di Jakarta, Sabtu, empat stadion yang akan dipakai untuk babak 16 besar nanti, yaitu Stadion Benteng Tangerang, Stadion Letjen H. Soedirman Bojonegoro, Stadion Sultan Agung Bantul, dan Stadion Mini Cibinong.

Tim yang lolos ke babak 16 besar didominasi klub asal Pulau Jawa dan hanya empat tim yang berasal dari luar Jawa, yakni Tornado FC (Pekanbaru), Waanal Brothers (Mimika), Persipani (Paniai), dan 757 Kepri Jaya FC (Batam).

Babak 16 besar terbagi menjadi empat grup, masing-masing grup berisi empat tim, yang terdiri dari dua tim juara dan dua tim runner up dari babak sebelumnya.

Babak ini masih menggunakan sistem home tournament setengah kompetisi. Juara dan runner up masing-masing grup berhak lolos ke babak 8 besar.

Kemudian, untuk babak 8 besar format kompetisinya masih sama seperti di babak sebelumnya dan berlangsung pada 27 Mei sampai 1 Juni 2024.

Usai babak 8 besar, babak semifinal berlangsung pada 4 Juni 2024 dengan sistem knock-out single match, sehingga pemenang pertandingan langsung lolos ke final.